ASV Valsts departamenta ziņojumā par reliģisko brīvību pasaulē 2012. gadā apgalvots, ka Indonēzijas valdībai pērn nav izdevies aizsargāt religiskās minoritātes, tostarp kristiešus, no draudiem, vardarbības un uzbrukumiem šajā valstī. Oficiāli Indonēzijā ir atļauta reliģiskā brīvība.

Indonēzijas valdība oficiāli atzīst sešas reliģijas, tomēr praktiski ne visām reliģijām ir vienādas tiesības un iespājas. Tāpat politikā ir pārstāvētas tādas grupas, kas cenšas ieviest reliģisko tiesību ierobežojošas normas.